1、信仰对象不同:宗教信仰坚决反对人自比神明和自吹具有所谓“神力”之举,故与邪教形成鲜明对照;邪教的信仰对象是教主,是活人,信仰方式是以一种迷狂的态度把相对的东西绝对化,对之顶礼膜拜,从而形成痴迷和盲信;宗教信仰的对象是超越人类和自然的神。如基督教的上帝、伊斯兰教的安拉、佛教的佛、印度教的婆罗门等。在宗教中,人、神是有区别的,再权威、再德高望重的神职人员(僧侣、主教、神父,牧师、阿訇、道士等)也不得自称为神(只称神的仆人或“牧羊人”)。
2、教主产生的方式不同:宗教崇拜的对象都是经过长期历史的积淀,由人们共同认识的。从人格上看,宗教崇拜的对象一般是德高望众、品行高洁的人;而邪教的教主是自封的,邪教教主人品或有劣迹、或有缺失。邪教教主不但人格低劣,而且在心理上也不健全。
3、立教的目的不同:邪教教主立教的动机源于他对世上事物、自我安乐的非分之想和特别关切,所以其立教目的是利用骗术和对信徒的控制来满足其个人的私欲、讹诈群众的钱财,并企图实现控制社会的野心。
4、活动方式不同:宗教组织是合法的,宗教团体是依法进行登记的。它们在法律和政策允许的范围内结社活动,是受法律保护的。宗教与社会是基本相容的,其活动是文明而规范的;邪教组织多为秘密结社,它以教主为核心的严密的多层结构及指挥系统进行诡秘活动。它们违背人类社会公认的伦理道德准则,法律准则,使用欺骗和恐怖手段,对教徒的精神生活和世俗生活进行全面控制,对教徒的合法权益进行蛮横剥夺,对教徒的身心进行残酷摧残;
5、文化价值不同:宗教是一种社会意识形态,是一种文化现象,是上层建筑的一部分;邪教在文化层面更多地表现为封建迷信。
6、对科学的态度不同:宗教对于已经过证实的科学事实总是表现接纳和认同,并尽力用之为自己的教义和教徒服务;邪教则不同,它要么打着科学的旗号反科学,要么明目张胆地攻击科学。